«گربه‌­ای که کتاب­‌ها را نجات داد» داستان پسر دانش‌آموزی به نام «رینتارو ناتسوکی» است که عاشق کتاب‌خواندن و البته بسیار معمولی است. وقتی رینتارو خیلی کوچک بود، پدر و مادرش از هم جدا شدند. با مرگ مادرش حول‌وحوش زمانی‌که مدرسه را شروع کرد، رفت تا با پدربزرگش زندگی کند. از آن زمان به‌بعد، فقط خودشان دو نفر بودند. این زندگی برای دانش‌آموزی دبیرستانی و معمولی کمی غیرعادی بود؛ تا این­‌که پدربزرگ رینتارو از دنیا می‌رود و کتاب‌‌فروشی‌اش به رینتارو ارث می‌رسد؛ با این توضیح که کتاب‌فروشی در شرف تعطیلی است. هیچ‌کس دیگر کتاب نمی‌خرد و نمی‌خواند!

یک شب ناگهان گربه‌ سخنگویی به سراغ رینتارو می‌آید و از او می‌خواهد که کتاب‌ها را نجات دهند. گربه می‌گوید که دنیا پر است از کتاب‌های تنهایی که خوانده نشدند و به آن­‌ها بی‌مهری شده و حالا گربه و رینتارو باید آن‌ها را از دست صاحبان غافل خود آزاد کنند.

رینتارو درخواست گربه را قبول می‌کند و وارد این ماموریت می‌شود. در این ماموریت شگفت‌انگیز آن‌ها سراغ آدم‌هایی می‌روند که با کتاب‌ها رفتارهای عجیب‌غریبی انجام می‌دهند.