«گل‌های هیروشیما» درباره‌ی خانواده‌ای‌ است که براثر انفجار بمب‌اتم دچار عوارض ناشی از این حادثه شده‌اند و زخم‌هایی روی بدن آن‌ها ایجاد شده‌است. در این بین مستأجر آمریکایی به خانه‌‌ آن‌ها می‌آید.
«موریس» در این رمان، رنج مردمان شهر هیروشیما را در تقابل با آسودگی و خوش‌باشی آمریکایی‌ها به‌ تصویر می‌کشد. «سام ویلوبی» تاجری است که برای تجارت به توکیو آمده و در وقت آزادش برای سیاحت به شهرهای دیگر ژاپن سر می‌زند. او در مسیرش به هیروشیما می‌رسد. روزی راهش را در کوچه‌پس‌کوچه‌های هیروشیما گم می‌کند و به‌طور اتفاقی با «یوکا» آشنا می‌شود. یوکا سی‌ویک ساله و مادر دو فرزند است و به همراه همسرش «فومیو» و «اوهاتسو»، خواهر کوچکش، در خانه‌‌ استیجاری کوچکی زندگی می‌کند. با این¬که فومیو در مکانیکی بزرگی مشغول حسابداری است، اما آن¬ها برای تامین مخارج زندگی بخشی از خانه‌‌ خودشان را به مسافران اجاره می‌دهند. سام ویلوبی اتاقش را در هتل پس می‌دهد و با خانواده‌‌ یوکا همراه می‌شود. این خانواده‌ ژاپنی همگی آسیب‌دیدگان بمباران اتمی هیروشیما هستند و هریک به‌گونه‌ای با مشکلات آن دست‌وپنجه نرم می‌کنند.