«حیاط خلوت» درباره چند دوست است که در آبادان زندگی می‌کردند و دوران کودکی خود را در شهر آبادان گذراندند. با شروع جنگ ایران و عراق، هر کدام از این نوجوان­ها به شهری مهاجرت کردند و از هم دور افتادند. بعد از دوازده سال با انتشار یک آگهی که عکس «آشور» را به عنوان گم شده و دچار اختلال حواس معرفی می‌کرد، همه دوستان دوباره در آبادان دور هم جمع شدند. «آشور» شخصیت اصلی داستان جانباز است. خاطرات و شخصیتش چنان با جنگ آمیخته که هم جدایی از جنگ برایش در حکم مرگ است و هم ماندن در آن. او به همراه خواهرش، «شریفه»، و پسر یازده ساله­ای که «شاهد» نام دارد و او را برادر خود معرفی می‌کند، در آبادان و در مدرسه‌ای متروکه، زندگی می‌کنند. برخلاف آشور، دوستان‌اش که در جنگ نبوده‌اند، هرکدام به نحوی و در جاهایی دور از هم به زندگی‌شان ادامه می‌دهند و به آن عادت هم کرده‌اند. به همین سبب است که نمی‌توانند و حتی نمی‌خواهند دوباره به شهر جنگ‌زده‌شان، که دیگر همان نیست که در جوانی‌شان بود، بازگردند.