در بیمارستان و زمان عکسبرداری از مغز «دکتر معین» اتفاق تلخی روی می‌دهد که منجر به کما رفتن وی می‌شود.
«دکتر محمد معین» در کلاس درس در دانشگاه مشغول تدریس است. وی که به دلیل سفر به ترکیه بسیار خسته شده است، در پایان کلاس ناگهان بی‌هوش می‌‌‌‌‌‌شود و روی زمین می‌‌‌‌‌‌افتد.
دکتر را به بیمارستان منتقل می‌‌‌‌‌‌کنند. پزشکان بعد از مشاهده ضایعه مغزی به این نتیجه می‌‌‌‌‌‌رسند که باید از مغز دکتر عکس‌‌‌‌‌‌برداری کنند؛ بنابراین تزریق جهت انجام عکس‌‌‌‌‌‌برداری رنگی در ناحیه گردن ایشان انجام می‌‌‌‌‌‌گیرد. این تزریق باعث می‌‌‌‌‌‌شود دکتر به کمای عجیبی برود. در ذهنِ دکتر به کودکی او می‌رویم، زمانی که محمد پنج ساله است و در کنار بالین پدر بیمارش نشسته که خبر فوت مادرش را می‌آورند. محمد بسیار گیج و مبهوت می‌شود و پدر نیز با شنیدن این خبر حالش بدتر می‌شود و پس از پنج روز او نیز محمد و برادرش را تنها می‌گذارد.
بعد از این وقایع محمد و برادرش به خانه پدربزرگ‌‌‌‌‌‌شان «شیخ معین العلماء» می‌روند و پدربزرگ محمد را به مکتب‌خانه می‌فرستد. مُلای مکتب‌خانه بچه‌ها را به شدت تنبیه و هر روز تعدادی از آن‌‌‌‌‌‌ها را فلک می‌کند. محمد از این موضوع خیلی ناراحت می‌شود. یک روز ملا محمد و دوستش را به طرز وحشتناکی شکنجه می‌‌‌‌‌‌کند. این موضوع باعث می‌‌‌‌‌‌شود پدربزرگ تصمیم بگیرد او را به مدرسه جدیدی بفرستد. و این درست مصادف با زمانی است که اوضاع شهر آشفته شده است. نهضت جنگل بالا گرفته و انگلیسی‌ها وارد عمل شده‌‌‌‌‌‌اند.