داستان «سی ‌و نه پله» با بازگشت «ریچارد هنی»، مأمور امنیتی انگلستان، به لندن پس از مأموریت آفریقای جنوبی شروع می‌شود. او فکر آغاز زندگی جدیدی را در سر دارد که ناگهان همه چیز با قتل شخصی که به خانه ریچارد پناه می‌آورد، دگرگون می‌شود. مقتول که ظاهرا برای حفظ اطلاعاتش از دست کسانی که او را تعقیب می‌کردند، جان خود را از دست می‌دهد، سندی مهم از خود به جا می‌گذارد که زندگی ریچارد و سرنوشت بسیاری از کشورهای جهان را تعیین می‌کند!