چشمان تاریکی زندگی مادری را روایت می‌کند که فرزندش را به سفر می‌فرستد. رهبر گروه مسافران تاکنون بارها این سفرها را بدون ‌خطر انجام داده است ولی این‌ بار رهبر گروه و تمام کودکانی که در این سفر حضور داشتند، بدون هیچ توضیحی نابود می‌شوند. مادر به کلیت این ماجرا مشکوک است اما تصمیم می‌گیرد با مرگ فرزندش کنار بیاید. مدتی بعد پیغام‌های عجیبی دریافت می‌کند و متوجه می‌شود که بیماری تنفسی جدیدی به سرعت در دنیا شیوع یافته که در برابر همه درمان‌های موجود مقاوم است. تمام این‌ها برای این مادر یک سوال ایجاد می‌کند: آیا ممکن است پسرش هنوز زنده باشد؟