محمد، پسر قوام، نوجوانی بیش نیست؛ اما شیفته‌ ی دانستن است. او گرچه تنها فرزند خانواده است، از پدر درخواست می‌کند تا برای آموختن نزد بزرگان دین و حکمت راهی قزوین شود....

پس از بر تخت‌ نشستن مرشد قلی‌ خان، تفرقه میان سران قزلباش، اوضاع ایران را مشوّش کرد و بیگانگان از هر سو دست تعرّض به خاک ایران گشودند.

شاه عباس، پس از شورش سران قزلباش بر آن می‌ شود برای سر و سامان دادن به اوضاع ایران، به همراه تعدادی از دانشمندان، راهی شیراز شود.

ابراهیم قوام، وزیرالوزرای شیراز، تلاش می‌کند تا نزد شیخ بهایی برود و او را راضی کند تا محمد، فرزند نوجوانش را که شیفته‌ی دانستن است، به شاگردی بپذیرد؛ اما شیخ راضی نمی‌شود. پس محمد، شبانه، خود نزد شیخ می‌ رود. اما آیا شیخ به این امر رضایت می‌دهد؟

ملاصدرا در روز نهم جمادی‌الاول سال 980 هجری قمری، در شیراز و در محلهٔ قوام، زاده شد و او را محمد نام نهادند. به روایتی پدر او خواجه ابراهیم قوام، مردی دانشمند و وزیر فرماندار پارس، محمّد میرزا (که بعدها به شاه محمّد خدابنده معروف شد)، بود.

صدرالدین محمّد تنها فرزند او، حاصل یک دعا بود. به باور هانری کربن، خواجه ابراهیم بازرگان بود و به خرید و فروش مروارید، شکر بنگاله و شال کشمیری اشتغال داشت. وی هرازگاهی، برای به دست آوردن مروارید، به مغاص لؤلؤ در بحرین می‌رفت.

ابراهیم قوام در آغاز، محمد کوچک را به مکتب‌خانه ی ملا احمد در محله ی قوام برد. محمد دو سال در این مکتب‌خانه خواندن و نوشتن و قرائت قرآن را فراگرفت. سپس او را به یک معلم خانگی، به نام ملا عبدالرزاق ابرقویی، سپردند تا به محمد صرف و نحو بیاموزد.

دو پیشامد سبب وقفه در تحصیل محمد نوجوان شد: یکی وفات ملا عبدالرزاق ابرقویی بود که او را در مرگ استاد خود سوگوار کرد و دیگر وفات شاه تهماسب یکم صفوی و به پادشاهی رسیدن شاه اسماعیل دوم صفوی که سبب ناامنی ایران از جمله شیراز گشت و ابراهیم قوام از بیمِ جان، خانواده ی خود را از شیراز به امیرنشین‌های جنوب خلیج فارس کوچاند.

ملاصدرا در سن شش سالگی به همراه پدرش درپیِ شاه محمد خدابنده به قزوین، پایتخت آن دوران صفویان، رفت و دوران نوجوانی و جوانی اش را در آن سامان سپری کرد. او درمدرسه ی «التفاتیه» قزوین حجره‌ای داشت که هم اکنون نیز برای بازدید «طلبه‌ ها» و «گردشگران» پابرجاست. سنگ بنای پیشرفت علمی او در حوزه‌ های علمیه ی قزوین بود. در همانجا با شیخ بهایی و میرداماد آشنا شد و پس از انتقال پایتخت به اصفهان، با استادانش به اصفهان مهاجرت کرد.